由於波長、瓣型、雷達拋物面面積等原因，搜索雷達與火控雷達優缺點截然不同，搜索雷達相對來講屬於中長波雷達，探測距離較遠，有利於發現遠距離海空目標，但定位精度較差，不能為艦載武器提供目標的精確三維坐標，而火控雷達為短波雷達，目標定位精度較高，但探測距離較近。因此，在現代軍艦上兩種雷達***用，互補使用，由搜索雷達進行遠程預警，再由火控雷達鎖定目標，指揮火炮、導彈等進行射擊。
從裝備數量上來講，現代軍艦上多數只裝備壹到兩部對空對海搜索雷達，而裝備的火控雷達數量就要多許多，基本上是大口徑艦炮、反艦導彈、防空導彈、小口徑近防炮等每種武器都有自己專用的火控雷達。
另外，由於現代軍艦多數裝備有直升機，如果裝備的直升機具備中繼制導功能的話，反艦導彈可以在搜索雷達發現目標，但火控雷達沒有鎖定目標時，對目標來襲的大致方向實施肓射，導彈發射後，由艦載直升機進行中繼制導。