B為來料加工手冊
C為進料加工手冊
D為進口設備手冊
E是電子帳冊
第壹步：企業填寫核銷申請表交預錄入公司錄入。
工廠加工的實際單耗如果與合同備案單耗不壹致的，公司必須在手冊報核前，到備案環節進行單耗變更。
第二步：經營單位或企業向主管海關提出核銷申請，並提交規定的文件資料。
1、 核銷預錄入申請單。
2、 填妥"核銷申請表"，並加蓋企業公章的加工貿易登記手冊（包括分冊、續冊）。
3、 與手冊進、出口登記欄相壹致的有效的進出口報關單。
4、海關需要收取的其他單證。
（1） 足以說明出口商品原材料單耗定額的資料，如分拖裁剪圖、部頒標準等。
（2） 如果合同核算後，需退還保證金的，必須提交申請退還保證金的報告。
（3） 如果合同有余料申請放棄的，必須提交放棄報告。
（4） 如果合同有余料需征稅的，必須提供進口發票，涉及許可證及配額管理商品還必須提供有效的許可證及配額證明。
（5） 如果合同有余料要結轉的，必須提供申請結轉報告。
（6） 其他海關需要的資料。
第三步：主管海關受理並對有關資料進行審核。核銷過程中主管海關可根據需要前往企業實地檢查。經審核可以核銷結案的，主管海關簽發《銀行保證金臺帳核銷聯系單》，由企業前往指定銀行辦理臺帳核銷手續。
第四步：銀行根據有關情況簽發的《銀行保證金臺帳核銷通知單》。
第五步：企業憑銀行簽發的《銀行保證金臺帳核銷通知單》到海關辦理合同核銷結案手續。
第六步：合同結案後主管海關簽發《加工貿易合同核銷結案通知單》。