根據門齒數目的多少可分為3個亞目：多門齒亞目、新袋鼠亞目和雙門齒亞目。
（壹）多門齒亞目 包括大多數的有袋目動物，分布在澳洲、南美和北美，有陸棲的、樹棲的和水棲的種類。大都為食蟲和食肉的類型。其特征是：上頜每側有4—5枚門齒，下頜每側有3—4枚門齒，犬齒強大，臼齒具尖銳的突起。例如負鼠科的負鼠，袋鼬科的袋鼬等。
（二）新袋鼠亞目 種類和數量均不多，分布在南美，棲於山地森林中，營夜間生活，以蟲為食。已知的有2屬，即新袋鼠和Orolestes。
（三）雙門齒亞目 分布在澳洲，營陸棲或樹棲生活，大多是大型食草的類型。特征是：上頜門齒每側有1—3枚，下頜每側有1枚，犬齒形小或退化，臼齒具鈍的疣狀突，適於研磨草料。後肢的第二趾與第三趾愈合，稱並趾。重要的科有：袋貂科、大袋鼠科。後壹科的典型代表為：大袋鼠、灰袋鼠、袋熊、袋貂及已滅絕的袋狼、袋獅、雙門齒獸等