壹、作用不同：
復制原點處的A和T特別多，相對氫鍵少，不穩定，DNA容易解旋，因此就容易和引物結合，成為轉錄的起點或復制的起點。
啟動子是復制原點附近的壹段DNA，它和特定的物質（如激素）作用後，通過壹系列復雜的正反饋機制，激活復制原點（復制原點通常被某些酶結合而不易解旋）。
二、含義不同：
復制原點(origin of replication)是在基因組上復制（replication）起始的壹段序列。 其中復制可以是在生命體中（如真核生物或者原核生物）的DNA復制，或者是在RNA病毒（如雙螺旋RNA病毒）裏面的RNA復制。
啟動子是位於結構基因5'端上遊的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之與模板DNA準確的結合並具有轉錄起始的特異性。
復制原點和啟動子關系：
啟動子是復制原點附近的壹段DNA，它和特定的物質（如激素）作用後，通過壹系列復雜的正反饋機制，激活復制原點（復制原點通常被某些酶結合而不易解旋）。
啟動子是RNA聚合酶結合和識別的位點，與轉錄有關；而復制原點與復制有關。
啟動子是基因(gene) 的壹個組成部分，其化學本質是DNA的部分序列(存在於基因編碼區的上遊)，控制基因轉錄的起始時間和基因表達的程度。啟動子(Promoters)就像“開關”，決定基因的活動。