促進植物對營養元素的吸收利用，或者能夠抵抗某些病原微生物的致病作用，減輕病蟲害，從而提高農作物產量和品質
1．液體菌劑的使用方法。
(1)種子上的使用。①拌種：播種前將種子浸入10—20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴濕，使種子與液態生物菌劑充分接觸後再播種。②浸種：菌劑加適量水浸泡種子，撈出晾幹，種子露白時播種。
(2)幼苗上的使用。①蘸根：液態菌劑稀釋10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入液體沾濕後立即取出即可。②噴根：當幼苗很多時，可將10—20倍稀釋液放入噴筒中噴濕根部即可。
(3)生長期的使用。①噴施：在作物生長期內可以進行葉面追肥，把液態菌劑按要求的倍數稀釋後，選擇陰天無雨的日子或晴天下午以後，均勻噴施在葉子的背面和正面。②灌根：按1：40—100的比例攪勻後按種植行灌根或灌溉果樹根部周圍。
2．固體菌劑的使用方法。
(1)種子上的使用。①拌種：播種前將種子用清水或小米湯噴濕，拌入固態菌劑充分混勻，使所有種子外覆有壹層固態生物肥料時便可播種。②浸種：將固態菌劑浸泡1～2小時後，用浸出液浸種。
(2)幼苗上的使用。將固態菌劑稀釋10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入稀釋液中蘸濕後立即取出即可。
(3)拌肥。每1000克固態菌劑與40—60公斤充分腐熟的有機肥混合均勻後使用，可做基肥、追肥和育苗肥用。
(4)拌土。可在作物育苗時，摻入營養土中充分混勻制作營養缽；也可在果樹等苗木移栽前，混入稀泥漿中蘸根。
3．生物有機肥的施用。
(1)作基肥。大田作物每畝施用40—120公斤，在春、秋整地時和農家肥壹起施入；經濟作物和設施栽培作物根據當地種植習慣可酌情增加用量。
(2)作追肥。與化肥相比，生物有機肥的營養全、肥效長，但生物有機肥的肥效比化肥要慢壹點。因此，使用生物有機肥做追肥時應比化肥提前7—10天，用量可按化肥做追肥的等值投入。
購買和使用微生物肥料時應註意的問題
使用微生物肥料符合生產安全、無公害農產品的肥料原則要求，已被中國綠色食品發展中心列入生產綠色食品允許使用的肥料。但微生物肥料對許多生產者來說還是壹個新生事物，因此要在推廣微生物肥料的過程中詳細說明使用時的註意事項。
1．選購時要看證。要想選擇質量有保證的微生物肥料，首先要看有沒有農業部頒發的生產許可證或臨時生產許可證。各省沒有資格頒發微生物肥料的生產許可證或臨時生產許可證。
2．選擇合格產品。國家規定微生物肥料菌劑有效活菌數≥2億/克，大肥有效活菌數≥2000萬/克，為了使生物肥在有效期末期仍然符合這壹要求，壹般生產廠商在出廠時應該有40%的富余。如果達不到這壹標準，說明質量達不到要求。
3．註意產品的有效期。微生物肥料的核心在於其中的活的微生物，產品中有效微生物數量是隨保存時間的增加逐步減少的，若數量過少則會起不到應有的作用。因此，要選用有效期內的產品，最好用當年生產的產品，堅決不購買使用超過保存期的產品。
4．註意存放和運輸過程中的條件。避免陽光直曬，防止紫外線殺死肥料中的微生物；應盡量避免淋雨，存放則要在幹燥通風的地方；產品貯存環境溫度應避免長期在35℃以上和-5℃以下低溫。
5．禁止與殺菌劑或種衣劑混放混用。對於種子的殺菌消毒，應在播種前進行，最好不用帶種衣劑的種子播種。
6．通過合理農業技術措施，改善土壤溫度、濕度和酸堿度等環境條件，保持土壤良好的通氣狀態(即耕作層要求疏松、濕潤)，保證土壤中能源物質和營養供應充足，促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代謝，從而發揮其良好增產增效的肥力作用。壹般來說，有水灌溉的耕地比幹旱地的效果好；有機質豐富、地力肥沃的土壤要比貧瘠的土壤效果好；松散透氣、團粒結構好的土壤比板結的土壤效果好；溫暖季節施用要比嚴寒低溫施用效果好；與有機肥混合施用比不加有機肥效果好；集中施用(穴施或溝施)、近根施用比撒施效果好；單獨施用比與氨態化肥、殺菌農藥合用效果好；在作物生長過程中早施比晚施效果好。
7．各種微生物肥料在使用中所采用的拌種、基肥、追肥等方法，應嚴格按照使用說明書的要求操作。