過柱子操作流程有：柱層析操作方法的選擇、柱子規格的選擇、裝柱。
1、柱層析操作方法的選擇：
目前，柱色譜分離的操作方式，主要包括常壓分離、減壓分離和加壓分離3種模式。
加壓柱：適合小於100-200g產品的純化。大尺寸的加)柱難以制作，用起來危險性大。建議使用雙鏈球加壓。
減壓柱：適合任何量的過柱，比加壓柱快，需要減小流動相極性過柱(比加壓柱小壹倍)，不然會導致分離效果差。
常壓柱：適合大於50-100g的產品。常壓柱是分離效果最好的，但是時間也最長。常壓分離是最簡單的分離模式方便、簡單，但是洗脫時間長。
減壓分離盡管能節省填料的使用量，但是由於大量的空氣通過填料會使溶劑揮發，並且有時在柱子外面會有水汽凝結，以及有些易分解的化合物也難以得到，而且還必須同時使用水泵或真空泵抽氣。
2、柱子規格的選擇：
市場上有各種規格的柱層析分離柱。柱子長了，相應的塔板數就高，分離就好。目前市場上的柱子，其徑高比壹般在1:5～10範圍，在實際使用時，填料量壹般是樣品量的30～70倍，具體的選擇要根據樣品的性質和含量進行具體分析。
如果所需組分和雜質的分離度較大，就可以減少填料量，使用內徑相對較小的柱子（如2cm×20cm的柱子）；如果Rf相差不到0.1，就要加大柱子，增加填料量，比如用3cm內徑的柱子。
3、裝柱：
柱層析色譜柱的填裝主要有濕法和幹法兩種，濕法省事，不論幹法還是濕法，矽膠（固定相）的上表面壹定要平整。濕法裝柱是先把矽膠用適當的溶劑拌勻後，再填入柱子中，然後再加壓用淋洗劑“走柱子”，本法最大的優點是壹般柱子裝的比較結實，沒有氣泡。?
幹法裝柱則是直接往柱子裏填入矽膠，然後再輕輕敲打柱子兩側，至矽膠界面不再下降為止，然後再填入矽膠至合適高度，最後再用油泵直接抽，這樣就會使得柱子裝的很結實。