臺當局於1987年11月2日開放臺灣地區民眾赴大陸探親以來，兩岸民間交流日益頻繁，對於增進兩岸人民彼此的了解固有正面之意義，但也由於接觸之廣泛，而衍生出海上犯罪、偷渡走私、文書查（驗）證、財產繼承、婚姻關系、經貿糾紛等諸多問題。為了解決上述因兩岸民間交流而衍生之問題，並兼顧兩岸情勢，行政院乃協助民間各界籌組財團法人海峽交流基金會（以下簡稱海基會），協助處理臺當局處理相關大陸事務。1990年11月21日召開海基會捐助人會議，並舉行第壹屆董監事第壹次聯席會議，通過“財團法人海峽交流基金會捐助暨組織章程”；1991年2月8日經行政院大陸委員會許可，並於同日向臺北地方法院辦妥財團法人登記，3月9日正式對外服務；1991年4月9日與“行政院大陸委員會”簽訂委托契約，處理有關兩岸談判對話、文書查驗證、民眾探親商務旅行往來糾紛調處等涉及公權力之相關業務。
海基會依章程規定目前設秘書長壹人、副秘書長二人、主任秘書壹人，及文化服務處、經貿服務處、法律服務處、旅行服務處、綜合服務處、秘書處等六處，暨人事、會計兩室，另配合臺當局政策就近服務中部及南部地區民眾，設有中區服務處及南區服務處。