鄱陽湖聚集了許多世界珍稀瀕危物種，並保存了壹定數目，是保存生物多樣性的重要地方。保護區最為人們熟悉也是最重要的組成部分就是鳥類，其它動物名錄很不完全，甚至根本沒有。
鄱陽湖是白鶴等珍稀水禽及森林鳥類的重要棲息地和越冬地。白鶴是中國I級保護動物，野外總數大約為3000只。其中90%在鄱陽湖越冬。白枕鶴為中國II級保護動物，野外大約有5000只左右，其中60%在鄱陽湖越冬。珍貴、瀕危鳥類還有白鸛、黑鸛、白鶴、大鴇等國家I級保護動物；斑嘴鵜鶘、白琵鷺、小天鵝、白額雁、黑冠鵑隼、鳶、黑翅鳶、烏雕、鳳頭鷹、蒼鷹、雀鷹、白尾鷂、草原鷂、白頭鷂、遊隼、紅腳隼、燕隼、灰背隼、灰鶴、白枕鶴、花田雞、小杓鷸、小鴉鵑、藍翅八色鶇等國家II級保護動物。
甲殼類動物尚未進行研究，但保護區內有三種蝦類可供食用，具有重要的經濟價值。此外，還有幾種淡水蟹沒有經過鑒定，***經濟價值大概不大。 壹級保護動物 白鸛Ciconia ciconia 黑鸛Ciconia nigra 中華秋沙鴨Mergus squamatus 金雕Aquila chrysaetos 白肩雕Aquila heliaca 白尾海雕Haliaeetus albicilla 白頭鶴Grus monacha 白鶴Grus leucogeranus 大鴇Otis tarda 揚子鱷Alligator sinensis 中華鱘Acipenser sinensis 白鱘Psephurus gladius 二級保護動物 穿山甲Manis pentadactyla 河麂Hydropotes inermis 卷羽鵜鶘Pelecanus crispus 白鹮Threskiornis aethiopicus 白琵鷺Platalea leucorodia 黑臉琵鷺Platalea minor 白額雁Anser albifrons 大天鵝Cygnus cygnus 小天鵝Cygnus columbianus 鴛鴦Aix galericulata 鳶Milvus korschun 雀鷹Accipiter nisus 大鵟Buteo hemilasius 普通鵟Buteo buteo 烏雕Aquila clanga 白尾鷂Circus cyaneus 鵲鷂Circus melanoleucos 白頭鷂Circus aeruginosus 鶚Pandion haliaetus 遊隼Falco peregrinus 燕隼Falco subbuteo 灰背隼Falco columbarius 紅隼Falco tinnunculus 灰鶴Grus grus 白枕鶴Grus vipio 沙丘鶴Grus canadensis 花田雞Coturnicops noveboracensis 小杓鷸Numenius borealis 小鴉鵑Centropus toulou 草鸮Tyto capensis 斑頭鵂鹠Glaucidium cuculoides 紅角鸮Otus scops 鷹鸮Ninox scutulata 短耳鸮Asio flammeus 藍翅八色鶇Pitta brachyura