外商投資企業在轉換執行新的企業會計準則體系後，應當根據《企業會計準則第38號——首次執行企業會計準則》應用指南的規定，在“首次執行日企業的職工福利費余額，應當全部轉入應付職工薪酬（職工福利）。首次執行日後第壹個會計期間，按照《企業會計準則第9號——職工薪酬》規定，根據企業實際情況和職工福利計劃確認應付職工薪酬（職工福利），該項金額與原轉入的應付職工薪酬（職工福利）之間的差額調整管理費用。假設企業於2006年12月31日有應付福利費的貸方結余，此結余額大於企業實際職工福利計劃的應支付額。如果按首次執行準則的規定，上述兩個數字的差額將於首次執行日後的第壹個會計期間從管理費用裏轉回。
同時，根據財政部2007年3月20日《關於實施修訂後的<企業財務通則>有關問題的通知 》（財企〔2007〕48號）規定，“修訂後的《企業財務通則》實施後，企業不再按照工資總額14%計提職工福利費，2007年已經計提的職工福利費應當予以沖回。截至2006年12月31日，應付福利費賬面余額（不含外商投資企業從稅後利潤中提取的職工福利及獎勵基金余額）區別以下情況處理，上市公司另有規定的，從其規定：
1、余額為赤字的，轉入2007年年初未分配利潤，由此造成年初未分配利潤出現負數的，依次以任意公積金和法定公積金彌補；仍不足彌補的，以2007年及以後年度實現的凈利潤彌補。
2、余額為結余的，繼續按照原有規定使用，待結余使用完畢後，再按照修訂後的《企業財務通則》執行。如果企業實行公司制改建或者產權轉讓，則應當按照《財政部關於<公司制改建有關國有資本管理與財務處理的暫行規定>有關問題的補充通知》（財企[2005]12號）轉增資本公積。
由於會計標準與財務通則與國家的稅收制度存在差異，因此，在稅務處理方面，依照國家稅務總局《關於做好2007年度企業所得稅匯算清繳工作的補充通知》（國稅函〔2008〕264號）規定，2007年度的企業職工福利費，仍按計稅工資總額的14%計算扣除，未實際使用的部分，應累計計入職工福利費余額。2008年及以後年度發生的職工福利費，應先沖減以前年度累計計提但尚未實際使用的職工福利費余額，不足部分按企業所得稅法規定扣除。企業以前年度累計計提但尚未實際使用的職工福利費余額已在稅前扣除，屬於職工權益，如果改變用途的，應調整增加應納稅所得額。