1、全套書冊數不同，中華書局出版的《二十五史》版本，全套23冊（上下兩部），上海古籍出版社版《二十五史》全套24本書，廣東古籍出版社版《二十五史》***24冊。
2、排版風格不同，中華書局出版的《二十五史》版本，以書寫格式優美、排印精美著稱，有詳細的封面、余頁、封底，質量非常高。上海古籍出版社出版的《二十五史》版本排版細致，具有很好的裝幀效果。四川古籍出版社出版的《二十五史》每壹卷都有良好的裝幀設計和圖案插圖，被認為是壹種高質量、高性價比且大眾化的版本。
3、價格不同，中華書局出版的《二十五史》版本價格相對較高。上海古籍出版社出版的《二十五史》版本價格相對於其他版本低廉。