壹、養分不同
硒肥的養分比例總是固定的，而不同土壤、不同作物所需的營養元素種類、數量和比例是多樣的。因此，使用前要先進行測土；而有機肥料不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分。
二、來源不同
有機肥料主要來源於植物和（或）動物，施於土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質，包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。
硒肥是指含有兩種或兩種以上營養元素的化肥，復合肥具有養分含量高、副成分少且物理性狀好等優點，對於平衡施肥，提高肥料利用率，促進作物的高產穩產有著十分重要的作用。
3、對土地影響
硒肥使用過多，土表面變得幹燥板結，然後容易造成水土流失，礦物質缺失，非常大的環境損害。土壤會變得更加貧瘠，缺少很多營養物質。
有機肥料所含的營養元素多呈有機狀態，作物難以直接利用，經微生物作用，緩慢釋放出多種營養元素，源源不斷地將養分供給作物。施用有機肥料能改善土壤結構，有效地協調土壤中的水、肥、氣、熱，提高土壤肥力和土地生產力。
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