有機農場在選擇飼養動物，或種植作物之種類時，必須小心。不必要去選擇經濟價值高的奇花異果，奇牲怪獸來經營。壹般而言，這些高價值的動植物常易遭受病蟲害的侵襲，照顧不易，所以有機農場的第壹守則，就是選擇本土及野生種為第壹優先。
不管飼養的動物或種植的作物，原則上均以本地種或野生種為宜。例如飼養本土山羊、土雞，種植山蘇和山芹。因其健壯容易照顧，適應性強，病蟲害抗性高，都是很好的選擇。
設計有機農場應該考慮自然特性，適切的布置。事先繪制平面圖和布局，並考慮生活起居和機械操作的方便性。農場的自然特性，包括土壤的質地、地形，生態，均應事先調查。
有些時候，對這些先天的自然條件，需要加以改變，以改善農場的經營效率，但不應破壞生態的多樣性。
整個農場規畫應建立自然生態系的最多樣化為原則。最好能保留部份地區為雜草或原始林地，以促進生物多樣化和自然保育。
生態上也宜保留自然水生區，如池塘、濕地、草地、沼澤等。在生產的過程，也要註意到景觀與生物多樣性的配合。
有機農場的灌溉排水溝，應避免水泥溝底，以維持原始地面為宜，可以促進生物的多樣化，提供野生動物如青蛙、螢火蟲的棲息地。路面也以天然碎石或可滲水材料較適當。