國民黨軍隊指揮分成兩個系統，軍政、軍令系統，其中軍政系統是指官階之間的上下級關系以及各軍種部門之間的關系，即誰大誰小的問題；軍令系統是指軍事指揮中的上下級關系，即誰聽誰指揮的問題。根據規定，“總統”為“三軍統帥”，在軍政系統上通過“國防部長”對軍隊行使“統帥權”，在軍令系統中則通過“參謀總長”行使指揮權。“參謀總長”的職能比較特殊，在軍政系統上為“國防部長”幕僚長，在軍令系統上則為“總統”幕僚長。這種格局導致國民黨“國防部長”沒有實際軍事指揮權，而“參謀總長”擁有相當大的指揮權，可以下達打第壹槍的命令。 參謀本部”成為實際掌管國民黨“國防”事務的單位，其權勢淩駕“國防部長”。
2000年1月，臺“立法院”正式通過了“國防法”及“國防部組織法”，實行“軍政、軍令壹元化”，即“國防部長”由文人擔任，為“總統”的軍事幕僚長。“國防部”下設“參謀本部”，“參謀總長”為“國防部長”的軍事幕僚，奉“國防部長”的命令執行軍隊指揮任務。
白崇禧當國防部長的時候，參謀總長是陳誠，誰大還用說嗎！