經典的核算雜交方法主要包括：DNA印跡雜交（Southern blot）RNA印跡雜交(Northern blot)以及斑點雜交和原位雜交：
1、 DNA印跡雜交（DNA blot hybridization）——有兩種核酸印跡法：
將DNA或RNA溶液直接點樣於硝酸纖維素膜或尼龍膜上（斑點或狹線印跡）
經瓊脂糖凝膠電泳將片段的DNA或RNA轉移到膜上（Southern和Northern印跡法）.DNA在電泳前先用限制性內切酶消化.
2、 RNA印跡雜交（RNA blot hybridization）：
RNA印跡雜交是壹種檢測已固定在濾膜上的總RNA或mRNA特定靶序列的技術.
3、 斑點雜交
將少量核酸樣品點樣在硝酸纖維素濾膜上,80℃烘烤後可牢固地固定在膜上,再用探針進行雜交.尼龍膜,特別是聚偏氟乙烯（PVDF）與DNA結合力更高,堅韌、易操作.點樣可手工,也可用手工點樣品.檢測可用放射性探針自顯影或非放射性探針顯色.可用於DNA或RNA分析.
4、 原位雜交
在保持細胞形態條件下,進行細胞內雜交,顯影或顯色.可用於DNA或RNA分析.熒光原位雜交（FISH）進行染色體DNA分析可用於生物學研究的許多領域以及臨床細胞遺傳學研究.其主要優點是不僅可以在細胞分裂的中期,而且可在分裂間期核中診斷染色體的變化.
廣義的核酸雜交就是指非同源的核酸分子間的復性（氫鍵結合）過程.因此可以說,目前的基因檢測技術,除了質普法外都或多或少的涉及了核酸雜交原理.如PCR的引物復性過程、基因芯片的雜交檢測過程、基因測序的引物復性過程以及各種SNP檢測方法等等.