1、氣流速度不同
超燃沖壓發動機和亞燃沖壓發動機雖然都是沖壓發動機，但兩個工作條件截然不同，前者整個發動機內的氣流速度都是超音速的，而後者只有發動機燃燒器以後的氣流速度是超音速的，燃燒器前的氣流雖然進氣速度超音速，但經過進氣氣流流道的整流，最後供應給燃燒器的仍然是亞音速氣流，
2、點火條件不同
而氣流速度的高於或低於音速會給燃燒器點火條件帶來巨大的不同，本身在高速氣流下點火就不易，如果氣流速度高於音速，氣體的壓縮特性與亞音速氣流就截然不同，由於工作速度的增大和功率的增大也帶來了對發動機材料、冷卻條件等的更高要求。
3、優勢不同
超燃沖壓發動機是高超音速飛行器的最佳吸氣式動力，但它不能獨立完成從起飛到高超音速飛行的全過程，因此人們提出了組合式動力的概念，亞燃和超燃雙燃燒室沖壓發動機的進氣道分為兩部分：壹部分引導部分來流進入亞音速燃燒室，另壹部分引導其余來流發動機制動原理進入超音速燃燒室。這種發動機適用於巡航導彈這樣的壹次性使用的飛行器。
擴展資料：
主要特點是超燃沖壓發動機具有結構簡單、重量輕、成本低、單位推力高和速度快的優點。與火箭發動機相比，超燃沖壓發動機無需攜帶氧化劑。因此，有效載荷更大，適用於高超聲速巡航導彈、高超聲速航空器、跨大氣層飛行器、可重復使用的空間發射器和單級入軌空天飛機的動力。由於有重要的軍事和航空航天應用前景，超燃沖壓發動機備受世界各國重視。
經過多年的發展，國外已研究設計過多種超燃沖壓發動機的方案。主要包括普通超燃沖壓發動機、亞燃/超燃雙模態沖壓發動機、亞燃/超燃雙燃燒室沖壓發動機、吸氣式預燃室超燃沖壓發動機、引射超燃沖壓發動機、整體式火箭液體超燃沖壓發動機、固體雙模態沖壓發動機和超燃組合發動機等。其中，雙模態沖壓發動機和雙燃燒室沖壓發動機是研究最多的兩種類型。
百度百科-超燃沖壓發動機