增值稅專用發票的認證方式有三種，分別是：壹、網上平臺勾選認證。（壹）登錄。納稅人使用可以連接互聯網的電腦，在USB接口插入金稅盤或者稅控盤，登錄增值稅發票選擇確認平臺。（二）確認完善信息，設定平臺密碼。確認和填寫企業的基本信息，並選擇是否設置平臺密碼及找回問題。（三）勾選並保存。通過“發票勾選”或“批量勾選”模塊，根據需要選擇發票進行勾選操作，並保存。（四）手工數據確認。納稅人需要在每個稅款所屬當期對已勾選保存未確認的數據進行確認操作，且每期可以進行多次勾選、多次確認。（五）數據匯集和抵扣統計。納稅人可以實時通過抵扣統計模塊查詢當期已認證的所有發票數據，作為當期進行申報抵扣的依據。二、通過自助辦稅終端掃描認證；三、稅務大廳窗口人工認證。
法律客觀：《中華人民***和國發票管理辦法》第二十條所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項，應當向收款方取得發票。取得發票時，不得要求變更品名和金額。《中華人民***和國發票管理辦法》第二十壹條不符合規定的發票，不得作為財務報銷憑證，任何單位和個人有權拒收。