酸雨中的氫離子,首先中和碳酸氫根離子形成弱酸性的碳酸,碳酸氫根被耗盡時,新加的氫離子便會將pH值大幅下降了,湖水變成酸性.在pH5.0～6.5之間時,魚卵不容易孵化,魚苗數量減少；當湖水pH值低過5.0時,大多數魚類死亡.蝦比魚更早滅絕.其實,另外壹個導致水中動物死亡的原因,是水中的植物如藻類減少.湖水酸化,水生生物種群將減少.因此,從生態食物鏈角度來看,湖泊酸化,也將使魚蝦難以生存.
二：土壤酸化,作物減產
土壤中含有大量鋁的氫氧化物,土壤酸化後,可加速土壤中含鋁礦物的風化而釋放出大量鋁離子,形成植物可吸收的形態鋁化合物.植物長期和過量的吸收鋁,會中毒,甚至死亡.酸雨能加速某些礦物質元素流失,由於營養少了,土壤貧脊,植物難以正常發育,由於抵抗力差了,植物病蟲的蟲害出現,使農作物減產.酸雨可使土壤微生物種群變化,細菌個體生長變小,生長繁殖速度降低,如分解有機質及其蛋白質的主要微生物類群牙孢桿菌,極毛桿菌和有關真菌數量降低,影響營養的循環,也是造成農業減產的原因.特別是酸雨可降低土壤中氨化細菌和固氮細菌的數量,使土壤微生物的氨化作用和硝化作用能力下降.
三：酸雨危害,植物死亡
酸雨可造成葉面損傷和壞死,林木生長差,以致死亡.土壤不肥沃,造成森林消失.中國的四川盆地受酸雨危害的森林面積達占林地總面積的三分之壹.馬尾松和華山松對酸雨十分敏感,由於發育不良,蟲害頻生,在香港,馬尾松也被該蟲害滅絕了,雖然有做防治措施,也是毫無效果.酸雨亦使竹林消失,竹葉受損.難怪大熊貓也將瀕臨滅絕.
四：酸雨壹下,死物也死
酸雨使非金屬建築材料如混凝土、砂漿和灰砂磚等的水泥溶解,出現裂縫,導致建築物損壞.酸雨使古跡文物面目全非.碑林文字模糊；著名的杭州靈隱寺的“摩崖石刻”近年經酸雨侵蝕,佛像眼睛、鼻子、耳朵等剝蝕嚴重,面目皆非.酸雨能加速金屬腐蝕,橋梁損壞.
五：萬物之靈,也受影響
眼角膜和呼吸道粘膜對酸類卻十分敏感,受酸雨刺激,導致紅眼癥和支氣管炎.農田土壤的酸化,使土壤礦化物中的有害重金屬,如汞及鉛等再溶出,由食物鏈的傳送,人類食後,中毒死亡.