本辦法所稱公益性水利基礎設施，是指防洪除澇、農田排灌、水土保持、水資源保護等重點工程。第三條公益性水利基礎設施建設實行項目法人責任制、招標投標制、建設監理制、合同管理制等管理制度。第四條省人民政府或者省人民政府授權省水行政主管部門設立並委派法定代表人作為本省以中央和省投資為主的公益性水利基礎設施項目的項目法人。
以市(含地、州，下同)、縣(含市、區，下同)為主投資的公益性水利基礎設施項目的項目法人，由市、縣人民政府設立並委派。
公益性水利基礎設施項目的項目法人是項目建設的責任主體，對項目建設全面負責，接受有關水行政主管部門的歸口管理。第五條各級水行政主管部門負責公益性水利基礎設施建設項目的規劃、勘察、設計、招標、施工、監理、竣工驗收和交付使用全過程的組織管理。
各級發展計劃行政主管部門按照基本建設程序管理的要求，負責公益性水利基礎設施項目的申報、審批、計劃安排和實施的監督管理。
各級財政行政主管部門應當按照基本建設財務管理要求，對公益性水利基礎設施建設財務活動進行監督管理。
各級審計行政部門應當依據審計法律法規，對公益性水利基礎設施建設重大項目進行專項審計和跟蹤審計。
各級發展計劃、財政、審計和水行政主管部門應當建立健全公益性水利基礎設施建設的相關規章制度。第六條公益性水利基礎設施建設項目，按國家規定應當進行招標的，招標方式按國家水利部關於水利建設項目管理的規定執行。省發展計劃等有關部門依法對招標活動實施行政監督。國家對上述事項另有規定的，從其規定。第二章計劃管理第七條公益性水利基礎設施建設應當嚴格執行國家投資計劃和基本建設程序，加強計劃管理。第八條省發展計劃行政主管部門對公益性水利基礎設施建設計劃管理的主要職責:
(壹)按照管理權限和基建程序，審批有關基本建設項目，審核和編制有關基建計劃，爭取中央投資計劃；
(二)會同水行政主管部門做好水利基本建設年度計劃的實施和重大項目的組織協調工作；
(三)會同水行政主管部門組織和指導編制水利建設中長期投資計劃；
(四)綜合運用直接投資、外匯、國外貸款、國家和省儲備等經濟手段，保證水利規劃、計劃和水利產業政策的實施；
(五)對投資、建設進度、建設周期等進行監督檢查。在實施重點水利建設計劃中，及時提出解決問題的意見；
(六)按照基建管理權限，審批或上報有關水利基本建設項目的可行性研究報告、初步設計、開工報告和竣工驗收報告。第九條省水利行政主管部門公共基礎設施建設計劃管理的主要職責:
(壹)組織編制省級流域或者區域綜合治理規劃；
(二)根據國家和省批準的流域綜合治理規劃，組織編制全省水利工程建設規劃和中長期水利工程建設計劃；
(三)按管理權限組織項目可行性研究報告、初步設計和開工報告的審查、上報和審批；
(四)組織編制全省水利項目年度投資建議計劃，根據國家和省發展計劃委員會的計劃，編制和下達具體的年度實施計劃，審批項目年度建設預算，監督檢查年度計劃的執行情況；
(五)主持或參與相關建設項目的竣工驗收。第十條市、縣發展計劃和水行政主管部門應當按照各自分工，做好公益性水利基礎設施建設的規劃管理工作。第十壹條公益性水利基礎設施建設必須遵循以下程序，嚴禁擅自合並或超越:
(壹)項目建議書；
(二)可行性研究報告；
(3)初步設計；
(四)施工招標；
(五)施工前的準備工作(包括技術設計)；
(6)開工報告；
(七)建設與實施；
(8)試運行(試運行)；
(9)竣工驗收；
(10)後評價。第三章資金管理第十二條公益性水利基礎設施建設資金管理堅持分級管理、分級負責、專款專用、講求效益的原則。