第四十五條作戰文書的處理，按照《中國人民解放軍司令部條例》的規定執行。密碼電報、傳真電報的處理，按照總參謀部的有關規定執行。軍事立法方面公文的處理，《軍事法規軍事規章條例》有特別規定的，按照其規定執行。軍隊機關內部的呈批件、呈閱件、簡報、電話記錄、統計報表等文書的處理，參照本條例執行。
第四十六條軍隊機關電子公文的處理辦法另行制定。
第四十七條中國人民武裝警察部隊機關公文的處理，參照本條例執行。
第四十八條本條例自2006年1月1日起施行。1992年3月30日中央軍委批準、中央軍委辦公廳印發的《中國人民解放軍機關公文處理條例》同時廢止。