禪宗在日本成立教晚，但禪宗在日本佛教史、日本思想史、日本文化史，以及整個日本的歷史上卻留下了深遠的影響。日本禪宗來自中國。當禪宗在它的故鄉發展至頂峰，在它最豐富飽滿的時候，天時、地利、人和，自然地就傳到了東鄰這個被稱為"扶桑"的島國。日本禪宗是隨中日兩國禪師的密切交往而形成並逐步發展的。日僧明庵榮西可謂是日本禪宗的創始人。在宋代，他兩次來中國，受傳臨濟心印，歸國後大興臨濟禪法，從而，臨濟宗作為日本禪宗的最早宗派誕生於日本。
榮西之後，其弟子們承師遺誌，作了不懈的努力，其結果表現在兩個方面：其壹，行勇、榮朝以至法孫辨圓、覺心等致力於榮西開創的事業，進壹步在日本弘揚、傳布臨濟宗，使臨濟宗的組織、禮儀等方面不斷完善，臨濟宗的勢力因而大增，聲勢宏遠。其二，榮西的再傳弟子希玄道元隨師明全入宋求法，歷訪名剎，遍參大德，最後得天童寺長翁如凈的啟發而豁然開悟，並蒙印可，傳授秘蘊和衣具頂相，歸國後，大力弘揚曹洞宗風，從而開創了日本禪宗的另壹大派--曹洞宗。從此，臨濟、曹洞兩宗作為日本禪宗的兩大宗派，壹直並行發展，源遠流長，在日本禪宗史、日本佛教史上具有重要歷史地位。
中國宋末元初，為避戰亂而東渡扶桑的中國禪僧陡增，使日本禪宗獲得了迅速的發展，壹時之間，禪風大振，幾乎壓倒佛教的其他所有宗派。據說當時傳到日本的禪宗流派就有二十四派之多。然而，這林林總總的分支派別，實際都還是在臨濟禪、曹洞禪兩大主脈上展開。臨濟、曹洞兩宗經過鐮倉、南北朝與室町時代，名師輩出，更為發展，更為興盛。臨濟宗的"夢窗國師"和"大燈國師"分別開創了"五山十剎"的官寺禪派和主要在民間傳播的大德寺派、妙心寺派，形成了日本臨濟宗發展的兩大線索。曹洞宗的瑩山紹瑾則壹改道元以來只重視打坐的枯淡的禪風，將流行於民間的壹些祈禱、修法儀式也吸收進曹洞禪法，致力於禪的民眾化，故在民間大受歡迎。紹瑾的弟子明峰索哲、峨山紹碩又開創了"明峰派"、"峨山五派"，他們分別傳授佛法於西方，曹洞宗大盛。
日本禪宗在經歷了鐮倉、南北朝與室町的鼎盛後，進入江戶時代，已開始出現頹勢。但這時中國黃檗山住持、臨濟高僧隱元隆琦的到來，打破了當時禪林的沈寂的局面。隱元在宇治開創黃檗山萬福寺，創立日本黃檗宗，成為日本佛教史上壹大事件。黃檗宗作為日本禪宗又壹獨立的宗派的出現，表明日本禪宗已經完成了它最後的宗教組織建設。隱元還將中國明代盛行的"念佛禪"帶到了日本。這壹從中國傳來的獨特的禪法不僅在日本站住了腳，而且大大刺激裏本已處於停滯狀態的臨濟、曹洞兩宗。兩宗重振宗風，終於使日本禪宗三派鼎立，長盛不衰。
日本禪宗產生於鐮倉時代。鐮倉時代是幕府執掌政權、武士統治的開始。日本禪宗從它產生那天起，就與幕府政權發生密切的關系。幕府政治在鐮倉時代結束以後，又經歷了室町幕府和江戶幕府兩個時期。在長約七百年的幕府政治中，禪宗曾隨著幾代幕府政權的興衰而消長。但總的說來，它是在以幕府為首的武士支持下，得到相當大的發展。故人們有時說，日本禪宗是武士的宗教。
作為"武士的宗教"的日本禪宗，在當時主要以兩大派別出現，即臨濟宗和曹洞宗。這兩派又都在幕府武士中形成了自己的陣營，即臨濟宗主要和幕府上層武士關系密切，而曹洞宗則註重在地方上的發展，得到各地領主地頭等中下武士的支持。當時流行的"臨濟將軍，曹洞土民"是很能概括這壹特征的。
臨濟宗的開山祖師榮西在宣傳介紹禪宗時，受到天臺宗僧人的攻擊，因而他寫下了《興禪護國論》，強調"興禪"可以"護國"，這就把禪宗與國家的關系緊密結合了起來，為此，得到了幕府將軍源賴家的信奉和支持。源賴家不僅為他在京都建造了建仁寺，又請他到鐮倉，開創了壽福寺。榮西在關西和關東傳布禪宗，都是憑借了幕府的勢力。
榮西以後的臨濟宗的發展，基本仍是循此路線，壹些著名禪匠都與幕府上層關系密切，並積極在武士之間傳授禪法。如"聖壹國師"圓爾辨圓入宋從無準師範學禪，回過後，受到攝政九條道家的崇信，在京都特意為他創建了東福寺。此後，辨圓又應請為幕府的執權北條時賴和嵯峨上皇授菩薩戒，其禪法在朝廷與武士之間很有影響。又如東渡弘禪的中國禪僧蘭溪道隆，壹到日本就受到鐮倉幕府的歡迎，掌權的北條時賴為他建造建長寺，聞風而來參禪者很多，影響深遠。中國禪僧無學祖元也深受幕府的崇信，北條時宗為他建圓覺寺，他的禪法在武士間影響很大。另壹位赴日的元代禪僧壹山壹寧，也受到北條貞時的尊崇，請他住持建長寺、圓覺寺，後又移住京都主南禪寺。如此等等，我們完全可以說，日本的臨濟宗在相當大的程度上是依靠鐮倉幕府而興起並逐漸發展的。
南北朝與室町時代，幕府將軍獨裁，武士專橫，戰亂頻繁，社會動蕩，民眾困苦不堪。在佛教各派趨於沈寂的大背景下，禪宗卻壹家獨盛，這與禪宗的休息方式有很大關系。在那動蕩不安的時代，人心趨於淡泊，禪宗以明心見性為標榜，這符合壹般人的心理，所以流行於社會各階層。臨濟宗此時出了夢窗疏石和宗峰妙超兩位大師。夢窗學問淵博，道譽隆高，深受室町幕府的開創者足利尊的敬仰，足利尊還皈依了他。另外，夢窗又受醍醐天皇尊重，詔入皇宮，特賜錦座，敕賜"國師"之號。作為"七朝帝師"的夢窗，周旋於朝廷與幕府之間，為調和其中的矛盾作了極大努力。夢窗門下弟子雲集，活躍於室町時代所創立的"五山十剎寺"，形成"五山官剎禪派"。"五山十剎"之制本就是室町幕府足利義滿制定的，所以當時的"五山禪僧"也就成為室町幕府政治中的重要工具，他們經常參與軍政外交機要，為幕府起草政治外交文書，有的還作為國使出使鄰國。這樣的歷史文化背景，自然有利於禪宗的興盛。
即使在江戶時代，禪宗已走向衰落，但臨濟宗仍與幕府關系密切，並由此得以維持。如江戶初期的以心崇傳，深受德川家康、德川秀忠兩代幕府政權中樞的信賴和重用，除被請參與軍政、外交機要以外，還被任命制定了如"寺院諸法度"、"禁中並公家諸法度"、"武家諸法度"等壹系列德川政權確立期的重要法度。在他後來的大德寺派的澤庵宗彭，也得到將軍德川家光的皈依，在當時宣傳以禪為背景的武道哲學。
曹洞宗作為日本禪宗的另壹大派別，也與幕府武士有著密切關系，但因宗風不同，所以主要在武士的中下層傳布。
曹洞宗的開山祖師道元在初傳曹洞禪法時，也曾受到朝廷與幕府的崇信，北條時賴聞其道譽，深表敬慕，請他到鐮倉授菩薩大戒，並托道元的首座弟子元明將施舍永明寺土地的字據帶回。但道元不喜好交結權貴，不近王臣，他對元明私自接受時賴的字據非常生氣，將其趕出了山門。他自己則從不主動結交那些顯貴，因為他所宣揚的"默照禪"，最基本的應是在僻靜山林壹心坐禪，"不顧萬事，純壹辨道"。
道元之後，曹洞宗的又壹位傑出僧人是瑩山紹瑾。他在加強曹洞宗派的建設，制定曹洞清規等方面作出了很大貢獻，使曹洞宗得到了很大發展。另外，紹瑾尤為重視禪的民眾化，他改變了道元的只重視打坐的枯淡的禪風，對下層社會的教化作出了極大的努力，將禪普及於廣大民眾，從而得到地方各地領主地頭等中下武士的支持。
紹瑾以後曹洞宗的發展，基本上仍是遵循了紹瑾的禪風，註重地方在擴展教線，充分吸收民間及其他宗教所盛行的壹些祈禱儀禮、修法儀禮，這樣使得布教方式更為簡便，對壹般的下層民眾有著很大的吸引力。所以，到室町幕府時代，曹洞宗在全日本廣泛流傳。
即使最晚立宗的黃檗宗，因幕府政治已近尾聲，日本禪宗的發展雖已過了它的黃金時期，但黃檗宗還是得到了德川幕府的支持。隱元赴日，先住長崎，聲聞全日本，後應邀到外地傳禪。他率弟子們來到江戶，晉見了德川幕府家綱將軍，計劃籌建寺院。是年，以家綱為施主，以隱元為開山祖的京都宇治黃檗山萬福寺正式建成。
禪宗之所以能如此地在日本武士中受歡迎，乃至成為"武士的宗教"，如前所說主要與其修行方式以及幕府統治下的社會環境有關。另外，禪宗的許多宗教特質也被認為特別吻合於武士道精神。如禪僧視死如歸，生死壹如的思想，對武士的忠孝、武勇、不畏生死的精神就影響很大。又如禪宗以寡欲質素為宗旨，要求禪僧克服營私縱欲的念頭，這與武士們提倡的廉潔操守也很相似。另外，禪宗把佛教的教理化為具體的日常生活，搬柴運水，都是佛事，不立文學，以心傳心，見性成法。這種簡單易行的方法，更受廣大武士的歡迎。
總之，日本武士道的德目，以忠孝、武勇、慈悲、禮讓、勤儉、質素為主。而這些內容，幾乎可說全與禪宗的教義相契合，所以禪宗自中國傳入日本後，進壹步激發了日本的武士道精神，在武士階層中廣為流行，乃至被定為完成武士人格修養的基本方法。武士們對禪宗的修行方式極為註重，禪宗的高僧都得到幕府將軍和武士的尊敬、擁戴，無論是"臨濟將軍"，還是"曹洞土民"。這也就是為什麽禪宗能在近七百年的幕府政治中，保持繁盛局面的原因。
在日本歷史上，中國傳統文化的影響是巨大的，而它的傳播渠道恰是隋唐以後，借助於佛教徒的傳教求法運動，即依附於佛教的東渡而傳到這個島國的。
中國禪宗的東傳，正值宋代；日本禪宗的創立並興盛，也已在鐮倉及此之後，所以從這時開始（即中國的宋、元、明），中國傳統文化在日本的傳播就主要是依賴中日兩國的禪僧了。禪宗與日本文化有著密切的關系。
由禪宗而傳到日本的宋代文化，最突出的莫過於宋代理學。最早的傳播者是日本律學沙門俊仍。他於建久十年（1199）入宋學習天臺、禪和律，建歷元年（1211）回國，帶回了大量的佛典和儒家經典。在他之後，東福寺的開山祖圓爾辨圓也於1242年自宋帶回數千卷典籍，並親自撰《三教典籍目錄》。這些典籍對於日本五山儒家、詩文學的興盛起過很大的推動作用。另外，中國禪僧蘭溪道隆和壹山壹寧對傳播宋代理學也貢獻頗大。道隆在上堂傳授禪法時就常借用儒學"四書"中的思想，通過對僧侶參禪者說禪，把宋儒的哲學雜糅到佛法禪學中。壹寧學識淵博，他在日本二十年，除了大振禪風外，還積極傳播宋學。後來日本著名的宋學先驅虎關師煉、雪村友梅等都曾是他的學生。
室町時代，五山十剎正式確立。五山不僅成為當時禪宗的中心，而且逐漸兼有了宋學研究中心的作用。由春屋妙葩主持開印出版的"五山版"，不僅有大量的禪書，還有很多的儒典。五山禪僧中更是湧現出不少精通宋學的學者。因為他們的努力，宋學邊在日本的知識階層中廣泛傳播開去。直到江戶時代，宋學本來附著於禪宗的文化形態，才逐漸離開其本體而成為獨立的存在，成為日本文化中的重要內容。
除此而外，因為中日禪的密切交往，隨禪宗東渡來日的中國傳統文化，從形式到內容可謂林林總總。從榮西的《吃茶養生記》引進中國的吃茶風習和吃茶方法，成為日本"茶祖"，到明末隱元等帶來大批書畫，黃檗山遂成為中國書畫美術館；從辨圓、紹明、道元等人從中國帶回先師的頂相，到江戶日本書法史出現的以隱元、木庵、即非為代表的"黃檗三筆"，乃至義堂周信的文，絕海中律的詩，春屋妙葩的出版事業，夢窗疏石的庭院建築……禪宗對日本文化的影響真是既深刻又廣泛，從而形成了今天具有特殊意義的日本"禪文化"這壹概念。"禪文化"是日本傳統文化中的重要內容，它可以說是伴隨著禪宗傳入日本，並在日本發展、流傳的基礎形成的內涵豐富的文化形態。它是中國文化與日本文化相結合的產物。
印度的禪傳入中國，經過發展，有了中國的禪宗。中國禪宗又東渡日本，又有了日本禪宗。日本禪宗對中國禪宗並不只是全盤地吸收，不是簡單的翻版。因為歷史線索和文化背景的不同，禪宗要適應這島國的政治、文化氛圍，就必須有新的發展。這實際是從榮西在建仁寺內設立真言院和止觀院，安置禪、真言、天臺三宗，融合三宗思想，形成日本臨濟宗就開始了的。所以說，日本禪宗雖源於中國，各派的思想和風格基本上也保持了中國禪宗的特征，但它又是中國禪宗的發展，無論其思想體系，還是修行方法，都有自己的特性。日本禪宗是壹個獨立、完整的宗教體系，是日本佛教文化的重要方面。
有意義的是，從印度禪到中國禪宗，從中國禪宗到日本禪宗，這是"禪"壹步步"東漸"。但日本禪在完成了它從思想到組織的建設以後，卻又返回"西行"，與西洋思想相接觸，在西方世界--歐美各國傳播，使歐美近年來禪學風行，大大影響了西方人的精神世界和文化生活。
禪的西行，從明治時代就開始，直至今日仍在進行著。其中，鐮倉圓覺寺的主持釋宗演起了"導夫先路"的作用，而其高足鈴木大拙則終身以此為己任，在把禪宗介紹到西方、推動歐美禪法上，起了巨大作用。
如果說當年中國禪宗在其東鄰日本結出碩果的話，今天日本禪宗在西方世界又放異彩，這是日本禪的又壹大發展。