天皇三年命令造戶籍，追捕流浪者，為日本帶來了文明的進步。
當時，朝廷專門治理畿內，將外國的治理放在次要地位。朝廷編制戶籍，授班田，在征收租役、地租等方面實行減負措施。據《正倉院文書》記載，大寶二年的戶籍賬留下很多。東面有美濃、下總，西面有築前、豐前。無論在哪裏，每戶百姓都稱某部之姓，按照田令獲得班田。
社會上有人認為將班田搭配水田授予農民耕種是壹個很大的誤解。班田是指士族的給田，壹般來講要繳納的租子是地租的三分之壹，屬於委托統治的?知行地?。整體來說，居住各國、登記在官方戶籍上、稱作百姓的有姓之家很多都是該鄉村的土豪大地主，占據各色便利肥沃的土地。因此，從總收入中將納租部分算作班田部分只不過是所謂的賬面上的計算而已。地上的實際收入其實很多。因此，這壹辦法壹直到遠國都很盛行。這是理所當然的。
持統天皇三年，持統天皇命令造戶籍，限月追捕流浪者。當年，下毛野子麻呂請求免除奴婢六百口。持統天皇五年，持統天皇下詔：?父祖之時所免的奴婢已經除籍，其眷屬等不得說是我奴婢。?因此，畿外豪族領有的土地很廣，而人民極多。種種事情可以隨心所欲。這壹點我們應予以註意。
打敗近江朝廷後，天武天皇還像原來那樣在大倭飛鳥建造宮殿，以此作為深宮大內。雖然同樣是在飛鳥建造宮殿，但天武天皇遵循神武天皇修建白橿原宮以來的每代都要變換宮殿建造地址的習俗。直到神武天皇，倭國天皇已經遷宮三十四五次。自聖德太子進行國家改革以來，帝都所在地開始固定下來。推古天皇的飛鳥、孝德天皇的難波、天智天皇的誌賀這三處是固定的。
難波是應神天皇以來的別都，成為國家的中心港口。那裏藩國的亭館鱗次櫛比。近江是景行天皇的別宮，是成務天皇的都城。天智天皇重建此都城，因為這裏地形險要，從水路到敦賀，再到海北新港口，然後翻過不破關，控制東海、東山。這是因為蝦夷的形勢發生變化，因而開拓東北的時機已經成熟。此外，大倭京師土地狹窄，作為大國的首都是不合適的。
因此，到了天武天皇時期，朝廷開始討論建都之地。第二年二月，天武天皇派廣瀨王、大伴安麻呂及判官錄事、陰陽師、工匠等到畿內查看可以定都之地，尋找新城之外可以作為永久都城之地，又派三野王、采女臣、築羅等到信濃勘察地形，打算將此地作為都城。
三野王等進獻信濃國地圖。天武天皇十四年，天武天皇讓人在信濃建造行宮，想要行幸東間溫泉，但沒有成行而駕崩。天武天皇的意圖是取代近江，尋覓景行天皇行幸的泳宮，在東山尋找方便的要地。此事雖然不了了之，但到了文武天皇時期，作為開辟岐蘇路的線索也有可觀之處。朝廷雖然遷都難波，但十五年阿鬥連藥家裏失火，火勢蔓延到大藏省進而導致所有宮室燒毀，只有兵庫職尚存。災後，天皇住大安殿。這裏應該是指飛鳥的大安殿。七月改元朱雀。此時，朝廷將宮殿改名為飛鳥凈禦原宮。
天智天皇七年，新羅壹個叫沙門道行的人偷了尾張國熱田的草薙劍，想要逃跑回國，卻在半路上因風雨迷路，來到難波津，最後自首，被處以斬刑。草薙劍照原樣還回宮中。到了天智天皇七年六月，天智天皇身體狀況不好，敕命飛鳥寺借三寶之威祛病。天智天皇七年七月，僧正僧都等趕赴宮中，念經並占蔔病情，稱這是草薙劍作祟，即日到熱田神社向神只祈禱。然而，天智天皇病情還是加重，當年九月駕崩，享年六十五歲。
六月以來，天武天皇下詔：?天下事情委托皇後處理。?在壬申之亂中，天武天皇和皇後鸕野贊良皇女***同謀劃，終於躲過大災大難。自那以後，鸕野贊良皇女陪伴天武天皇左右，獻言獻策，大有裨益。鸕野贊良皇女政務練達。在天武天皇駕崩後，鸕野贊良皇女臨朝稱制。鸕野贊良皇女是天智天皇的皇女。起初，天智天皇納蘇我石川麻呂之女，生下大田皇女和鸕野贊良皇女。大田皇女和鸕野贊良皇女同為皇太弟大海人皇子之妃。
大田皇女生下大津皇子，鸕野贊良皇女生下草壁皇子。在壬申之亂中，大津皇子和高市皇子壹起從大倭救援，堵住伊勢朝明關，謁見天武天皇，而後立下很多軍功。大津皇子比草壁皇子年長。大田皇女是鸕野贊良皇女的姐姐，但早逝。因此，天武天皇將草壁皇子立為東宮太子。此前有個老規矩就是在皇位更叠之際，可以讓群臣擁立自己所希望的人選。讓天武天皇預想不到的是，大津皇子涉嫌陰謀爭奪皇位。因此，群臣將政務委托給鸕野贊良皇女。由於發生了這樣的猜忌，大津皇子難保無事。
十月，謀反壹事果然東窗事發。大津皇子在譯語田舍被賜死。受此連累的有八口音橿[插圖]、壹岐博德、中臣麻呂、巨勢多益須、新羅沙門行心及礪杵道作等三十余人。他們都被捕下獄，但只有礪杵道作被流放，其他人都被赦免了。大津皇子有才學，愛文筆，擅長詩賦，被賜死時有臨終絕句留世：?金鳥臨西舍，鼓聲催短命，泉路無寶主，此夕誰家向？?另外，在磐余池，他還留下?百傳磐余池，鳴鴨今日見，吾魂隱雲端?的詩句。
大津皇子的妃子是天智天皇的皇女山邊皇女，當時年僅二十四歲，披發跣足，奔赴大津皇子被賜死處殉情。見此場景者皆唏噓不已。在敏達天皇駕崩後，皇子被卷進陰謀而死於非命之事依然持續著，壹直到大津皇子。之後，皇子因為此類事情遭到災禍的情況逐漸減少，直至絕跡。
鸕野贊良皇女臨政，立草壁皇子為太子。三年三月，草壁皇子也薨逝。草壁皇子的妃子是持統天皇的妹妹阿部皇女，生下皇孫珂瑠。因為皇孫年幼，所以鸕野贊良皇女繼承大統，第二年即位，史稱持統天皇。持統天皇和阿倍皇後壹同撫養皇孫珂瑠。三野王的女官縣犬養三千代作為內命婦，是有名的賢女。她給皇孫珂瑠當傳姆，即家庭教師，後來嫁給中臣鐮之子藤原不比等做妻子，生下橘諸兄和光明皇後，興起了藤原氏和橘氏兩個家族。
後來，阿部皇女繼承大統，史稱元明天皇。元明天皇開啟了推古天皇以來立女天皇的先例。經過皇極天皇、齊明天皇兩朝，宮掖才媛輩出，最終立藤原氏之女光明皇後，通過外戚勢力，藤原氏壹門在群臣中獨掌權力，位極人臣。這壹形勢的變化早在持統天皇養育皇孫珂瑠時已經埋下了種子。
在持統天皇即位後，高市皇子輔政。高市皇子帶領公卿百僚查看藤原宮的地形。這壹年十二月，持統天皇行幸藤原，視察宮殿選址。藤原有允恭天皇的別宮，位於天香山以南，後來當地建起藤原氏的宅邸。這次宮殿的選址位於天香山西面的藤井原，和天香山東面的飛鳥僅僅隔著壹個岡巒。自從神武天皇奠都磐余邑橿原以來，歷代的宮殿多集中於高市郡的南山。歷代這樣做當然也有其他的原因，其壹是臣民的習慣。
歷代從前朝開始就占蔔奠都的好地方。如果沒有好地方，臣民就仍然願意留在原處。於是，朝廷將視線集中在飛鳥的西原。藤原的山陽就是吉野。當時，持統天皇頻頻行幸吉野行宮。柿本人麻呂的和歌中有?禦心吉野國，花落知多少。秋津之野邊，宮柱粗又長。百磯城宮人，船並旦船渡。舟競夕河渡，此川無絕時。