(1)多呈亞急性，少數呈急性或慢性起病。但在嬰兒可見起病較急及以驚厥為首現癥狀，而被誤診為手足搐搦癥。
(2)早期低熱、全身無力、頭痛並伴噴射性嘔吐。
(3)進而高熱、頭痛加劇、煩躁、精神混亂。
(4)頸部強硬及克氏征()較早出現，晚期腦神經障礙、偏側輕癱、抽搐及眼底視盤水腫。
根據臨床癥狀可分為：①腦膜炎型。②腦膜腦炎型。③脊髓型。④混合型。
2.小兒結核性腦膜炎癥候
(1)壹般癥候：主要為結核中毒癥狀，包括發熱、食欲減退、消瘦、睡眠不安、性情及精神狀態改變等功能障礙癥狀。
(2)神經系統癥候：包括5方面：
①腦膜癥狀，是由於病理改變直接刺激軟腦膜而引起。
②腦神經損害癥狀。
③腦實質刺激性或破壞性癥狀。
④顱壓增高癥狀。
⑤脊髓障礙癥狀。
3.病程病程壹般3～4周，無特效治療以前病死率達100%。自出現抗結核藥物後，如能早期診斷，正確治療，可完全治愈。
根據臨床表現，病程可分3期：
(1)前驅期(早期)：約1～2周，前驅癥狀包括有精神狀態的改變，如煩躁好哭，或精神呆滯，不喜遊戲。此外可有低熱、食欲減退、睡眠不安、見瘦、便秘或無原因的嘔吐。年長兒可自訴頭痛，初期多輕微或非持續性。嬰幼兒可起病急遽，前驅期很短或無，壹發病即出現腦膜刺激癥狀。
(2)腦膜刺激期(中期)：約1～2周，頭痛持續並加重，嘔吐加重並可變為噴射狀，嘔吐是各個年齡組最常見的癥狀。逐漸出現嗜睡，或嗜睡與煩躁不安相交替。患兒可有知覺過敏，在觸動他或檢查時因感痛楚而喊叫。便秘加上經常同時出現的舟狀腹，為小兒結腦典型癥狀之壹。可有驚厥發作，但發作後神誌尚清醒。
此時期體征可有前囟飽滿或膨隆，項強直，屈髖伸膝征(Kernig′ssign，克氏征)，屈頸動腿征(Brudzinski′ssign，布氏征)及病理跖反射(Babinski′ssign，巴氏征)陽性，淺層反射壹般減弱或消失，腱反射多亢進。此外有肌肉震顫及皮膚紅色劃痕等。
常見腦神經障礙癥狀，如動眼神經麻痹可見眼瞼下垂、眼外斜、復視、瞳孔散大，展神經及顏面神經麻痹。
此期不少患兒已有明顯顱壓高及腦積水的癥狀及體征，如高熱，呼吸不正常，顱縫裂開有破壺音，頭皮靜脈怒張，頭皮及眼瞼水腫，瞳孔不等大，眼底視盤水腫等，最後可出現角弓反張、偏癱或肢體強直等。
(3)昏迷期(晚期)：約1～3周，以上癥狀逐漸加重，神誌由意識朦朧、半昏迷而進入完全昏迷，多於驚厥後陷入昏迷。陣攣性或強直性驚厥發作頻繁。
顱壓增高及腦積水現象更為明顯。最後四肢肌肉松弛、癱瘓，出現尿瀦留，壹切反射消失，或呈去大腦強直;臨危時可體溫驟增，血壓下降，脈搏細速，出現陳-施氏呼吸，終因呼吸及心血管運動中樞麻痹而死亡。
主要診斷依據如下：
1.患者有結核史及結核接觸史早期診斷依靠詳細詢問病史包括密切接觸史及BCG接種史，周密的臨床觀察及對本病的高度警惕性;北京兒童醫院1180例結腦中，63%有結核病接觸史，92%未接種過BCG，約1/3發生於春天。
對可疑為本病的小兒應早做結核菌素試驗陽性反應對診斷有助，但結腦患兒對結核菌素試驗反應有時較弱，因此OT0.1mg或PPD5U不引起反應時，應以OT1～2mg或PPD250U的劑量復試。北京兒童醫院曾對345例結腦患兒進行分析，約有7%患兒直到OT1mg才出現陽性反應，而且有4.4%患兒呈假陰性，因此不能因結核菌素試驗陰性而輕易否定結腦的診斷。近來有用特異抗原如PPD在體外作淋巴細胞轉化試驗以協助診斷結腦者，皮試陰性的結腦患兒作此試驗可呈陽性。
2.早期發熱、頭痛、頸項強直以及呈亞急性發展皮膚粟粒疹的發現對診斷有決定性意義。眼底檢查對診斷亦有幫助。眼脈絡膜上發現結核結節與肺X線片中見到粟粒型肺結核有同等的價值。有報告根據213例結腦患兒的眼底檢查結果有脈絡膜粟粒結節者占14%。
3.腰椎穿刺檢查腦脊液顯示較典型的結核性腦膜炎改變凡臨床上懷疑本病者應及時檢查腦脊液。在診斷未決定時，不可用退熱、鎮靜以及腎上腺皮質激素等藥物，以免掩蓋癥狀，耽誤早期診斷和及時治療。
4.對本病的確切診斷應有病原學的依據。由於CSF細菌塗片和細菌培養檢出率較低，皮膚結核菌素試驗又不十分可靠，故目前早期診斷多采用聚合酶鏈反應(PCR)檢測CSF中結核菌的DNA。病程6～15天者陽性率為88.8%。
采用酶聯免疫吸附試驗(ELISA)檢測CSF中結核抗體，病程超過1個月者陽性率達90%以上。以上兩項檢測同時應用更可提高確診的可靠性。
5.胸部X線攝影對診斷有幫助根據1180例結腦患兒X線檢查，顯示有活動性肺結核者達86.9%，其中屬於粟粒型肺結核者454例，占活動性肺結核的44.2%。但需註意亦有8.6%患兒肺部正常，這些都是年長兒童。
6.腦CT檢查北京兒童醫院自1986～1992年對50例結腦患兒做腦CT檢查發現最常見異常為腦積水(66%)，其次為腦梗死(34%)、腦萎縮(16%)、腦水腫(12%)、結核瘤(10%)、鈣化竈(8%)及硬膜下積液(4%)，只10%患兒無異常所見。
7.腦電圖檢查急性期患兒絕大多數腦電圖異常，表現為彌漫性δ波(3周/s以下)及θ波(4～7周/s)慢活動，不對稱。可見不對稱偶發尖式棘波;重度異常時可見明顯不對稱，多發尖、棘、尖-慢、棘-慢等病理波。於合並結核瘤或局部腦梗死時可見占位性或局竈性改變：表現為局部δ波。但腦電圖的改變無特異性，僅可作為臨床的輔助診斷，而對病原的鑒別診斷方面意義不大。而對隨訪治療效果、判斷預後及後遺癥有幫助。
8.對本病的確切診斷應有病原學的依據。最可靠的診斷根據是從腦脊液查見結核桿菌。應盡量爭取在未進行治療以前認真檢查。將腦脊液靜置後形成的蛋白膜固定於玻璃片上作耐酸染色，可查到結核桿菌。曾統計50例腦脊液留膜檢查結核桿菌陽性率高達54%。除用直接塗片檢查外，還可用腦脊液沈澱作病理切片檢查、進行腦脊液培養或豚鼠接種。
由於CSF細菌塗片和細菌培養檢出率較低，皮膚結核菌素試驗又不十分可靠，故目前早期診斷多采用聚合酶鏈反應(PCR)檢測CSF中結核菌的DNA。病程6～15天者陽性率為88.8%。
采用酶聯免疫吸附試驗(ELISA)檢測CSF中結核抗體，病程超過1個月者陽性率達90%以上。以上兩項檢測同時應用更可提高確診的可靠性。
典型的結腦診斷比較容易，但有些不典型的，則診斷較難。不典型結腦約有以下幾種情況：①嬰幼兒起病急，進展較快，有時可以驚厥為第1癥狀。②早期出現腦實質損害癥狀，表現為舞蹈癥或精神障礙。③早期出現腦血管損害，表現為肢體癱瘓者。④同時合並腦結核瘤時，可似顱內腫瘤表現。⑤其他部位的結核病變極端嚴重，可將腦膜炎癥狀及體征掩蓋而不易識別。⑥在抗結核治療過程中發生腦膜炎時，常表現為頓挫型。對於以上各種不典型的情況，診斷需特別謹慎，防止誤診。