波塞東龍的屬名由sauros與Poseidon組成，sauros在希臘文意為“蜥蜴”，Poseidon不僅是希臘神話中的海神，也意為“使大地震動者”（Ennosigaios）。波塞東龍的屬名是借用後者的意思。地震龍(現為哈氏梁龍)也意為“使大地震動的蜥蜴”。
波塞東龍的種名proteles在希臘文意為“Perfect before the end”，意指波塞東龍的狀態是北美洲已發現的大型蜥腳下目恐龍中，最晚出現也是最特化的壹種。（近年新發現的阿拉莫龍的巨型骨架使得阿拉莫龍成為在北美洲已發現的大型蜥腳下目恐龍中最晚出現的物種。)