1、建立完善的過濾系統將氨，硝酸鹽消除。包括加強物理過濾，盡量把食物糞便殘骸過濾掉，定期洗棉，這樣能減少有機物被細菌分解成氨和磷酸鹽的機會。
2、減少或降低有機物來源。包括減少魚的飼養密度，減少餵食。勤換水。
3、光照要適當。小球藻在強光會發色強烈的光合作用，快速生長。在加上照明時間過長，壹定會爆發綠水。尤其是魚池放在陽光直射到的地方。
治標方法：
1、用殺菌燈：UV殺菌燈可以破壞生物DNA，可以殺菌也可以消滅藻類，可以用它來消除水中的單細胞小球藻。壹般來說大約在3天左右綠水就可以消失，，最慢也不會超過10天。
2、用凝結劑：把浮遊性的藻類凝結過濾掉，不推薦使用，過多對魚有害。
3、生物控制：使用水蚤把小球藻吃掉，前提是池裏沒有吃水蚤的魚。
4、鹽度控制：小球藻是窄鹽性生物，對鹽度的增加很敏感，所以在水裏加鹽對綠水消除很有幫助。
5、用除藻劑：雖然可以除藻，但不建議使用，因為這是壹種藥劑，對魚對草都有害。
6、抑制生長：可以減少光照，減少餵食，加強換水，比較安全，缺點是時間會比較長。